library(sf)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(raster)
library(dplyr)
library(rmapshaper)
library(DT)
library(spData)
library(plotly)
library(tidyr)
# Carga de la capa de provincias
provincias<-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_provincias_simp_wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
# Carga de la capa de áreas silvestres protegidas (ASP)
asp <-
st_read(
"https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
quiet = TRUE
)
# Carga de la capa de mamÃferos Orquideas
Orquideas<-
st_read("https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
),
quiet = TRUE
)
# Asignación del sistema de coordenadas
st_crs(Orquideas) <- 4326
st_crs(asp) <- 4326
Orquideas<-
Orquideas%>%
mutate(coordinateUncertaintyInMeters= as.numeric(coordinateUncertaintyInMeters))%>%
mutate(eventDate=as.Date(eventDate,"%Y-%m-%d"))
cat("cantidad original de registros:", nrow(Orquideas))
## cantidad original de registros: 29863
#Descartar registros con alta incertidumbre en la ubicación
Orquideas<-
Orquideas%>%
filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters)& coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)
cat("cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación:", nrow(Orquideas))
## cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: 677
#elimine los registros con valor vacÃo o NA en el campo species
cat("cantidad original de registros:", nrow(Orquideas))
## cantidad original de registros: 677
Orquideas<-Orquideas[!(Orquideas$species== ""),]
cat("cantidad de registros después de eliminar las celdas vacias en las especies:", nrow(Orquideas))
## cantidad de registros después de eliminar las celdas vacias en las especies: 646
Eliminar los registros de Area Marina de Manejo y Area marina protejida de los ASP
cat("cantidad originas de registos:", nrow(asp))
## cantidad originas de registos: 171
asp<-asp[!(asp$descripcio=='Area Marina de Manejo'),]
cat("cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina:", nrow(asp))
## cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina: 167
cat("cantidad original de registos:", nrow(asp))
## cantidad original de registos: 167
asp<-asp[!(asp$descripcio=='Area marina protegida'),]
cat("cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina:", nrow(asp))
## cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina: 148
Visualización de los datos en el mapa
#
registro_asp<-
asp%>%
sf::st_make_valid()%>%
sf::st_join(Orquideas)%>%
group_by(nombre_asp)%>%
summarize(especies= n())
# Asignación de crs al conjunto
sf::st_crs(registro_asp)=4326
# Mapa
# Paleta de colores
colores_especies <-
colorNumeric(palette = "YlGnBu",
domain = registro_asp$especies,
na.color = "transparent")
# Mapa Leaflet
leaflet() %>%
addTiles(group = "OSM") %>%
addPolygons(
data =registro_asp,
fillColor = ~ colores_especies(registro_asp$especies),
fillOpacity = 0.7,
stroke = TRUE,
color = "black",
weight = 1,
popup = paste(
paste(
"<strong>ASP</strong>",
registro_asp$nombre_asp
),
paste(
"<strong>Cantidad de Orquideas:</strong>",
registro_asp$especies
),
sep = '<br/>'
),
group = "ASP- especies"
) %>%
addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
overlayGroups = c("ASP-especies")) %>%
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_especies,
values =registro_asp$especies,
group = "ASP-especies",
title = "Cantidad de Orquideas"
)