Tarea 4

library(sf)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(raster)
library(dplyr)
library(rmapshaper)
library(DT)
library(spData)
library(plotly)
library(tidyr)

# Carga de la capa de provincias
provincias<-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/ign/delimitacion-territorial-administrativa/cr_provincias_simp_wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )

# Carga de la capa de áreas silvestres protegidas (ASP)
asp <-
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )




# Carga de la capa de mamíferos Orquideas
 Orquideas<-
   st_read("https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )

# Asignación del sistema de coordenadas
st_crs(Orquideas) <- 4326
st_crs(asp) <- 4326

Orquideas<- 
  Orquideas%>% 
  mutate(coordinateUncertaintyInMeters= as.numeric(coordinateUncertaintyInMeters))%>%
  mutate(eventDate=as.Date(eventDate,"%Y-%m-%d"))

cat("cantidad original de registros:", nrow(Orquideas))

## cantidad original de registros: 29863

#Descartar registros con alta incertidumbre en la ubicación 
Orquideas<- 
  Orquideas%>%
  filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters)& coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)

cat("cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación:", nrow(Orquideas))

## cantidad de registros después de descartar los de alta incertidumbre en la ubicación: 677

#elimine los registros con valor vacío o NA en el campo species
cat("cantidad original de registros:", nrow(Orquideas))

## cantidad original de registros: 677

Orquideas<-Orquideas[!(Orquideas$species== ""),]

cat("cantidad de registros después de eliminar las celdas vacias en las especies:", nrow(Orquideas))

## cantidad de registros después de eliminar las celdas vacias en las especies: 646

Eliminar los registros de Area Marina de Manejo y Area marina protejida de los ASP

cat("cantidad originas de registos:", nrow(asp))

## cantidad originas de registos: 171

asp<-asp[!(asp$descripcio=='Area Marina de Manejo'),]

cat("cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina:", nrow(asp))

## cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina: 167

cat("cantidad original de registos:", nrow(asp))

## cantidad original de registos: 167

asp<-asp[!(asp$descripcio=='Area marina protegida'),]

cat("cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina:", nrow(asp))

## cantidad de registros después de eliminar los registros de Area marina: 148

Visualización de los datos en el mapa

# 
registro_asp<-
  asp%>%
  sf::st_make_valid()%>%
  sf::st_join(Orquideas)%>%
  group_by(nombre_asp)%>%
  summarize(especies= n())
# Asignación de crs al conjunto 
sf::st_crs(registro_asp)=4326

# Mapa

# Paleta de colores
colores_especies <-
  colorNumeric(palette = "YlGnBu",
               domain = registro_asp$especies,
               na.color = "transparent")

# Mapa Leaflet
leaflet() %>%
  addTiles(group = "OSM") %>%
  addPolygons(
    data =registro_asp,
    fillColor = ~ colores_especies(registro_asp$especies),
    fillOpacity = 0.7,
    stroke = TRUE,
    color = "black",
    weight = 1,
    popup = paste(
      paste(
        "<strong>ASP</strong>",
      registro_asp$nombre_asp
      ),
      paste(
        "<strong>Cantidad de Orquideas:</strong>",
        registro_asp$especies
        
      ),
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "ASP- especies"
  ) %>%
  addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
                   overlayGroups = c("ASP-especies")) %>%
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = colores_especies,
    values =registro_asp$especies,
    group = "ASP-especies",
    title = "Cantidad de Orquideas"
  )